Le sol est dans son ensemble pauvre parce que constitué de terres sableuses dans la plaine et rocailleuses en zone de plateau et de falaise. A ce problème s’ajoute l’insuffisance de terres cultivables. Sur le plateau par exemple elles atteignent difficilement les 15 % ; ce qui est à l’origine de plusieurs conflits fonciers dans presque chaque village que constitue le pays dogon. 

La formation végétale se divise en strates bien distinctes : la savane arborée, la savane arbustive, la savane ou steppe très lâche, la savane en plaques alternant avec zones d’érosion.Les principales essences végétales sont : le baobab (Adansonia digitata), le karité, le rônier, le néré, le tamarinier, etc.

L’arbre joue un rôle important sur le plan socioculturel des Dogon : utilisé dans la confection des célèbres masques dogon, dans la sculpture et en médecine traditionnelle.On en tire des arbres des fruits comestibles, du bois de chauffe et de construction. Depuis quelques temps, les essences végétales se raréfient considérablement. Cette dégradation est due non seulement au phénomène de désertification mais aussi aux actions de l’homme. Cependant, il existe certaines espèces végétales rares ; c’est le cas de l’Acridocarpus Monodii, une plante endémique.

Compte tenu de la dégradation du couvert végétal et de la densité humaine, l’habitat potentiel de la grande faune a été considérablement réduit. Il faut cependant noter la présence des oiseaux, des babouins, des damans de rocheux, des écureuils, des gorilles, des mangoustes, des chacals, des lièvres, des porcs-épics, divers serpents, des tortues, des caïmans etc.